А вот тут не всё так очевидно. Мне кажется, что ты сделал неправильные выводы.

Том "якобы убивает" Фрэнка. Сальери рвется помочь семье Френка. Куда же они делись? Что Том наплел Сальери? Он сказал в закадровом тексте, что не мог позволить Сальери узнать, что они с комфортом отдыхают в Европе. Вполне вероятно Тому пришлось сказать, что семья Френка тоже мертва (типа они погибли в перестрелке в аэропорту или они видели как, он (Том) убил Френка и пришлось не оставлять свидетелей). Вот эта неопределённость с семьёй Френка выглядит как небольшая дыра в сценарии.

Сальери убивает Фрэнка по-настоящему. Про его семью ничего не говорится, возможно их тоже убили. Никто не отменяет плохое исполнение заказа в Европе. Об этом не говорится.

Опять же, а куда ему деваться? Ничего не остается сказать кроме, что их пришлось убить тоже. Пришлось, так пришлось. Назад уже не вернешь, помогать некому. Сальери об этом нет смысла думать. Не помню деталей, вроде говорилось что убили Френка вместе с семьёй. Возможно для большего драматизма. Опять же эксцесс исполнителей, не факт, что Сальери этого хотел и приказывал. Возможно Сэм наврал, чтобы разозлить, ошарашить Тома.
Семья Тома "теперь в безопасности", потому что Тома уже (считай) убили, и больше нападений не будет. Теоретическая опасность для семьи Тома, сохранялась при нападении на него, когда они были рядом.

Так что никакой поломки логики сюжета нет.