Интересно.
А после тишины трек как играл? Как после паузы? Или сначала? Или как будто во время тишины продолжал играть, но не слышно?
Какие миссии ты при этом загружал?

Я так понимаю, что нормально скрипт работал во фрирайде?

Прошёл " невозможно отказаться", "бегущий человек" и "вечеринка с коктейлями".
Подобных проблем не было.
Что было: во время погони радио играло одновременно с драматичной музыкой, которая звучит во время погони. Радио, конечно, можно отключить.
После погони, во время катсцены, когда Сэм дал Тому деньги, радио продолжало играть. Естественно, ведь Том в машине. Радио можно было выключить.
Во время миссий "бегущий человек" и "вечеринка с коктейлями" во время сохранений Том находится в машине. Радио играет, потоки сохраняются, если запороть миссию и загрузиться с сохранения, то эти потоки начинают играть.
Это проблемы естественные и предсказуемые.
А вот такого, как ты описал, не было.
Единственная мысль: а ты для второй, третьей и четвёртой радиостанции файлы в папку положил?
Если нет, то скрипт безуспешно пытался создавать потоки из несуществующих файлов, это и могло привести к подлагиванию.
В скрипте как раз с интервалом в половину секунды идёт проверка, не закончился ли трек, и если он не играет, то поток пересоздаётся.