Выглядит так, будто сбиваются номера материалов присвоенные текстурным фейсам. Подобное было в старом плагине от Mr F. Решалось путем создания одного мультиматериала с текстурами на все модели.

Также проблема может быть с порядком следования текстурных вершин в uv развертке лайтмапов. Например, нулевая вершина должна ссылаться на нулевую текстурную вершину развертки, а вместо этого она ссылается на первую. И все последующие вершины аналогично. В результате чего вся развертка и сбивается.