А нажать на "покрытие" пробовал? Каждая прямоугольная болванка - это и есть коллизия, разные цвета нужны только чтобы их различать. В окне свойств (Properties) у каждой из них есть координаты, ротации, размеры и ниже - раздел Collision, который и содержит строки flags и materials.

Вообще, если коллизии есть только на лестнице, то тут уже дело не во флагах, а просто в том, что клиппинга там, где надо, нет. Поэтому и летают пули куда и как хотят

Ещё существует так называемый фейсовый клиппинг, который не отображается цветами, - он накладывается прямо на поверхность модели и принимает её форму. Например, нажми на проезжую часть дороги - тоже увидишь flags и materials.