Так делать не желательно. Лучше удалять не нужные ноды моделей через шестнадцатиричный редактор 010 Editor. При импорте в Макс и ре-эспорте информация в модели меняется. Например, может измениться количество вершин некоторых моделей, и тогда фейсклип будет накладываться некорректно. Будут участки без коллизии или невидимые стены.
Но даже если количество вершин останется тем же, их порядок может измениться. А из за этого уже лайтмаппинг будет отображаться неправильно.

Добавлено через 1 минуту
Есть там удаление, клавиша Delete. Может быть в новых версиях клавиша поменялась, смотрите readme в папке с программой.