А можно чуть конкретнее, какие сюжетные и гейплейные моменты получились хуже?

Я, на вскидку могу назвать, лишь плохо обыгранный момент мотивации вступления в семью, надо было показать, что Том понимал что его потом достанут. Ну и пожалуй момент с Сэмом в церкви был лишним. В остальном, все сюжетные изменения я считаю продуманными и оправданными.

Например миссия с тюрьмой. В оригинале Том, проникает в заброшенную тюрьму и вырезает всю банду, засевшую там. Столько стрельбы должно было привлечь много полиции. Да и Том должен туда был прибыть с запасом времени, чтобы дождаться выступления чиновника.
В ремейке это все переделали, чтобы было более логично и реалистично. Банду заменили на бездомных, никакой стрельбы, чтобы не привлекать внимания и не сорвать операцию. А перестрелку/стэлс перенесли на "после снайперского выстрела".

Или катсцену с Поли в метро (до ограбления банка), вместо "геймплея", я полностью поддерживаю! А то весь драматизм пропадал.
Верно подмечено, что ремейк уже в других условиях, чем оригинал, и исправлять ошибки было проще. Может по мелочам где-то и сделали хуже, но в основном, в сумме сделали хорошо.

А вот теперь я хотел бы увидеть новую игру от Вавры и его студии, про Мафию в сеттинге 30-х годов, но уже с абсолютно новой историей, отдельной вселенной и полноценной песочницей. Пусть он покажет как надо!