Вообще-то Том всегда вместе с Поли, а не с Сэмом пытался убить брата Морелло - Сергио.
Только здесь почему-то сам Морелло (в белом костюме). Видимо переиграли этот момент.
Не один же Силвер Флэтчер в гараже у Морелло, наверное и другие тачки есть

Не думаю что там будут какие-то "страшные" изменения. Скорее всего добавят какие-нибудь новые миссии в промежутках между старыми и то не много.

В лучшем случае (давно об этом мечтал) сделают сюжетные развилки, убить/не убить Френка и Мишель и как это повлияет на историю.

Если Том во время прохождения завалит всех (Френка/Мишель/сына чиновника) то его например будут бояться Поли и Сэм, он убьет всех и Сальери и сам станет доном.

Если убьет только Мишель, то ее никто не увидит в городе и не будет проверять жив ли Фрэнк.

Ну и классический вариант естественно тоже останется.