Думаю, тебе понравится то, что ты увидишь в MWE, загрузив миссию и нажав Shift+C (обратно - Shift+W). У каждой коллизии в окне свойств есть минимум две характеристики - flag и material. Material - это собственно, материал (дерево, металл, трава, песок). От него зависят звуки и эффекты физичеких воздействий на коллизию. Насколько я знаю, за такие особенности, как пролёт пуль сквозь коллизию, отвечает flags. Его стандартное значение - 0 - значит, что пули не пролетают. Есть определённые значения (как и с материалом), позволяющие коллизии пропускать пули или дающие некоторые другие возможности. Какое это точно значение, я не помню, но по логике это точно не 0.
Так вот, попробуй проверить флаги нужных коллизий на ненулевые значения, и, если такие найдутся, обнулить их. И просто проверь стены визуально на отсутствие в них клиппинговых дыр. У меня щас под рукой нет ситибарса, поэтому сам посмотреть не могу.
Сохранения клиппинга сохраняются в файле tree.klz.