Собственно вы и ответили на этот вопрос немного позднее:
Т.к. скайбоксы в оригинале (в моем случае апскейл) и из пака SUUU отличаются по цвету (оригинал - синее ночное небо, SUUU - черное и т.д.), то с шейдерной водой (видимо настроенной под оригинальные, слегка модифицированные скайбоксы) цвет отражения неизменен, игнорируя цвет неба.
Со своей стороны, могу попытаться сделать нормальный апскейл оригинальных скайбоксов, про старушку Мафию я знаю очень мало и кроме замены текстур более ничего делать не умею. Так что все надежды на ув. admpos.