Sanderfol, это "естественный" баг 3d-рендеринга, связанный с z-буфером. Когда более дальняя полупрозрачная поверхность рисуется в кадре после ближней, то её пиксели, перекрываемые ближней, отбрасываются, как и происходит со всеми остальными, непрозрачными поверхностями. Вообще, это должно решаться на уровне движка - путём сортировки на каждом кадре всех полупрозрачных поверхностей в зависимости от их дальности от камеры и отрисовки их в соответствии с этим порядком: от самых дальних к самым близким.

Ты, наверное, видел этот же баг с альфа-текстурами, когда делал свою визуализацию 4ds. Я, когда делал свою, тоже с этим столкнулся, у меня в программе идёт сортировка по лок. осям объектов. Но этого всё равно не достаточно, так как лок. ось не совпадает точно с каждой точкой геометрии объекта. В идеале надо сортировать по полигонам или отдельным вершинам, но это крайне сложно, и тоже идеальный результат не гарантирует...

В общем, это вина логики движка, а редактированием моделей это не исправить.