Про точки для енемей, да, их нет в моде на ферме и ещё много в каких локациях. Их в принципе можно импортировать из миссий, но проблема в том, что им нужно делать массовый сдвиг по координатам, потому что в оригинальной миссии вся локация находится около начала координат. А программы для этого нет. Надо формат check.bin разобрать, тогда можно будет её написать...
Насчёт импорта dnc... Похоже на то, что ты какие-то файлы либо потерял, либо перепутал. Вообще, после импорта нескольких (да и вообще) dnc через DNCes Extractor надо всегда загрузить и сохранить (переписать) файл в MWE. Потому что Extractor иногда при импорте некорректно какие-то суммы записывает (из-за чего игра файл не загружает), MWE обычно это исправляет. Но здесь, наверное, в чём-то другом дело. Ещё неплохо бы научиться читать логи MWE (окно Console), там почти всегда есть записи об ошибках загрузки файлов.
Конечно, можешь менять что-то по своему усмотрению и необходимости. В любом случае, от чьих-либо переделок мой изначальный продукт хуже не станет...))
С освещением придётся повозиться, если лайтмапы тоже захочешь исправить, так как их надо будет переделывать под новое освещение. Плотность и состав трафика можно редактировать в Scene2 Editor, который жёлтый.